En 1844, cuatro años después de acabar la Primera Guerra Carlista, prosperaron en el ánimo del rey Don Carlos V de Borbón las tesis que propugnaban una solución al problema dinástico mediante el enlace de su primogénito Carlos Luis -que utilizaba el título de conde de Montemolín- con su prima Isabel II, para lo que abdicó de sus derechos en su hijo el 18 de mayo de 1845. Sin embargo, el gobierno de Madrid se opuso a los planes, que quedaron definitivamente desbaratados con el matrimonio de Isabel II con su otro primo, Don Francisco de Asís. Con ello, los esfuerzos transaccionistas del conde de Montemolín cedieron paso a un nuevo llamamiento al levantamiento de los carlistas, iniciándose la Segunda Guerra Carlista (1846-1849).
El ahora rey Carlos VI siguió los acontecimientos desde Londres, a donde había llegado tras escapar de Bourges. Ya casi al final de la guerra, en 1849, trato de entrar en España y unirse al ejército de Cabrera, pero fracasó en el intento, con lo que regresó a Inglaterra. Allí vivió un fugaz romance con la joven aristócrata inglesa Adeline de Horsey, que le llevó incluso a abdicar de sus derechos, retractándose poco después.
Por su parte, Carlos V y su esposa la Princesa de Beira, ahora usando el título de Condes de Molina, pudieron abandonar Bourges tras su abdicación y dirigirse al reino de Cerdeña-Piamonte donde estaban sus hijos pequeños, instalándose en Génova en el palacio Sallicetti. Sin embargo, la ola revolucionaria que recorría toda Europa en 1848 los llevó, también a ellos, a abandonar el Piamonte y refugiarse en la ciudad entonces austriaca de Trieste (hoy Italia). Fijaron su residencia en un ala del palacio que poseía la duquesa de Berry en la vía Lazzareto Vecchio, acompañados de su hijo menor Fernando.
Desde allí, Don Carlos gestionó la boda de su hijo el conde de Montemolín con la princesa napolitana María Carolina, hermana del rey Fernando II y de Doña María Cristina, viuda de Fernando VII. El matrimonio tuvo lugar el 10 de julio de 1850 en el Palacio Real de Caserta, cerca de Nápoles, donde se instaló la joven pareja.
El 10 de marzo de 1855, a los 66 años de edad, falleció Don Carlos María Isidro de Borbón, entonces un casi olvidado Conde de Molina, pero que la historia recordaría siempre como Carlos V, el primer rey de la dinastía carlista.
A lo largo de toda la década de la década de los 50, el carlismo mantuvo su oposición contra el régimen liberal, una lucha que aumentaba en los momentos de intensificación revolucionaria con distintos intentos de nuevos alzamientos. La intentona de mayor envergadura, emprendida por el general Don Jaime Ortega, acabó en el fracaso de San Carlos de la Rápita de 1860 que costó la vida al general y estuvo a punto de costar también la del propio Carlos VI y su hermano el Infante Don Fernando, apresados y después liberados y expulsados de España.
Tras volver a Londres, el Conde de Montemolín marchó más tarde con su esposa a Trieste, donde pudo reunirse con la Princesa de Beira -viuda ya desde hacía un lustro-, el infante Don Fernando, la archiduquesa Beatriz -esposa de Don Juan, de quien se hallaba separada- y sus hijos Carlos y Alfonso. El 1 de enero, de forma sorpresiva e inesperada, fallecía el Infante Don Fernando aquejado de tifus contagioso, que contagió también a su hermano el conde de Montemolín, que falleció el día 13 de ese mismo mes de enero de 1861, un par de semanas antes de cumplir 43 años, y a su esposa María Carolina, que murió al día siguiente. En el plazo de quince días la Princesa de Beira pasaba por el dolor de ver fallecer a dos de sus hijos y a su nuera, cuyos restos fueron enterrados en la catedral de San Giusto.
Muerto el segundo rey de la dinastía carlista y a falta de descendencia, los derechos sucesorios pasaban a su hermano Don Juan Carlos de Borbón y Braganza, padre de los futuros Carlos VII y Alfonso Carlos I.
Si bien conocemos algunas fotografías y bastantes grabados de Carlos Luis de Borbón, conde de Montemolín, son escasísimos sus retratos en pintura. Su vida azarosa de exilado, con la necesidad de cambiar continuamente de residencia, y su muerte relativamente prematura dieron poca opción a que el arte inmortalizara su figura. Por eso, resulta especialmente digno de resaltar el retrato de quien fue segundo rey de la dinastía carlista, realizado por la pintora aragonesa Carmen Gorbe y que se exhibe en el Museo Carlista de Madrid, en el que Don Carlos Luis aparece con traje negro, sobre el que destaca el collar de la Orden del Toisón de Oro, y la banda y placa de la Orden de Carlos III.
Carlos VI no fue el más brillante de los Pretendientes de la rama legitimista de la Familia Real española, y es probablemente el menos conocido, junto a su hermano, el Juan III de la dinastía carlista, sobre el que pronto se presentará una tesis doctoral que aportará nuevas luces sobre un personaje que siempre fue considerado la oveja negra de la dinastía. Esperemos que algún día le llegue también el turno al conde de Montemolín, y pueda llevarse a cabo la biografía crítica que merece quien, al igual que su padre, sufrió la usurpación de sus derechos sucesorios al Trono de España.